lncrna靶基因预测(LncRNA靶基因的预测方法)

本站提供的lncrna靶基因预测(LncRNA靶基因的预测方法),小编为您一一讲解!lncrna靶基因预测

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高通量技术测序与生物信息学的飞速发展,各种类型的RNA都像浩瀚海洋中的一条条鱼被发现并打捞上岸,而后不同类型的鱼或因珍贵程度、或因营养价值、或因研究需求等受到人们不同的处理方式,或被食用、或被保护、或被研究、或被观赏......LncRNA是目前研究的热点与难点,如何更好地研究它呢,往下看,或许能带来些许帮助。

我是谁?

我(LncRNA)就是长链非编码RNA,目前的大明星,虽然是一类不编码蛋白,转录本长度超过200nt(nucleotide,核苷酸)的RNA分子。我主要是住在叫细胞核的房子里,我们的个性很强(不同物种间保守性较差),完全顺应了时代发展的潮流,数量上远远超过我们的姐妹(mRNA),有时候我们很像,如果不小心辨认,我们会被错认。关于我的故事有很多很多,想多了解我一点,就赶紧行动起来,高通量测序是就是认识我最强大的一个武器哦。

我本领?

我不能像mRNA那样,赤裸祼地表达着自己的喜怒哀乐,我会以一种含蓄而神秘的方式来展现自己,时而扮演特定信号的角色,代表新生活的开始(时空特异性表达);时而扮演大学导师的角色,指导学生们的课题方向(指导蛋白复合物定位到特定调控位点);时而扮演学生干部的角色,组织各组成员管理班级(与蛋白和/或RNA形成各种复合物);时而扮演妩媚女子的角色,吸引着许多已婚或者未婚人未婚人(引诱其它调控RNA或蛋白与之结合)......不管何种方式,最终目的是调控靶基因。

我靶标?

我存在的目的是调控靶基因的表达,那么怎么样来寻找我的靶基因呢?信息时代,只要你上网搜索,会有很多结果。

如果你知道我的大名(已知gene symbol 的LncRNA),可以直接通过软件数据库进行查看。比如:

starBase:http://starbase.sysu.edu.cn/index.php

ChIPBase:http://rna.sysu.edu.cn/chipbase/index.php

NONCODE:http://www.noncode.org/index.php

如果我是新发现的呢?如何查找?可以从我作用模式来研究。我对基因的调控要么顺式(cis)作用,要么是反式(trans)作用,根据这两种方式分别进行预测。

顺式作用靶基因预测认为LncRNA的功能与其坐标临近的蛋白编码基因相关,位于编码蛋白上下游的LncRNA可能与启动子或者共表达基因的其他顺式作用元件有交集,从而在转录或者转录后水平对基因的表达进行调控。确定一个LncRNA具有顺式调控作用通常要满足3个条件:1是它与附近的基因表达情况保持一致;2是它失活后会影响周围基因的表达;3是它会影响附近同一位点的基因表达。方法在于首先要找出位于LncRNA上游或者下游附近(10K)的编码蛋白基因,通过对编码蛋白的功能富集分析,从而预测LncRNA的主要功能,为后续顺式作用分析打下基础。

反式作用靶基因预测认为LncRNA的功能跟编码基因的位置关系没有关系,而与其共表达的蛋白编码基因相关。当它与一些距离较远的基因在表达量上存在正相关或负相关的情况时,就可以通过样本间LncRNA与蛋白编码基因的表达量相关性分析或基因共表达网络分析来预测其靶基因。LncRNA的反式作用靶基因预测只适合于样本量大的情况,如果样本量太少(如6个以下),分析将不可靠

LncRNA 除了顺式与反式作用调控后,还可参与转录后调控,这里主要是针对miRNA等这样的小RNA,通过碱基互补的方式发生关系。反义LncRNA可与正义链的mRNA结合调控基因沉默与转录进程,可以利用RNAplex等软件预测LncRNA与mRNA之间的互补配对关系,计算最小自由能来预测最佳碱基配对关系。

核实我?

根据预测与生物学意义,选定LncRNA,后续我们还可以做的验证实验:

最常用的方法:

① qPCR的方法验证LncRNA与mRNA的关系;

② ceRNA调控机制研究;

③ 功能研究(基因敲除或者过表达,查看相关基因的表达或者细胞表型变化);

④ 免疫共沉淀研究:RNA pull down、RNA-RIP、ChIP-seq等方法检测与LncRNA结合的DNA、RNA、蛋白质;

⑤ LncRNA表观调控研究;

⑥ ......

参考资料:

https://sanwen8.cn/p/2abSAHX.html

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